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造成徒長，使蕾鈴脫落，給管理增加難度。為了緩解這一現(xiàn)象，又需要購買縮節(jié)胺等激素進(jìn)行化控，這是自相矛盾的做法，促進(jìn)在前控制在后，自找麻煩，費(fèi)工費(fèi)時又費(fèi)錢。
加重病蟲害發(fā)生。研究結(jié)果表明，棉鈴蟲的發(fā)生與大量施用氮肥成正比；棉花對枯黃萎病的抵抗力與施氮肥量成反比。這是因為枯黃萎病是由真菌侵染引起的，在環(huán)境條件優(yōu)良的情況下（如晴天）光合作用強(qiáng)。
吸收的氮及時被合成為蛋白質(zhì)，棉花植被在低氮高碳狀態(tài)下抵抗力較強(qiáng)，不易被感染。即使被感染，也因病菌繁殖慢不易表現(xiàn)出病癥。
但在惡劣條件下光合作用弱，根系吸收大量的氮不能立即轉(zhuǎn)化成蛋白質(zhì)，使植物體處于高氮低碳的弱體質(zhì)狀態(tài)，此時的氮便被病菌利用而快速繁殖破壞棉花的傳導(dǎo)組織。天氣轉(zhuǎn)晴，因體內(nèi)水分供應(yīng)不上，其他有關(guān)營養(yǎng)也供應(yīng)不及時，便立即表現(xiàn)為病態(tài)。
如果氮肥施用適量，上述癥狀將明顯減輕，這一結(jié)論可以從不施氮肥的地塊看出很少發(fā)生枯黃萎病得以驗證。棉花是需肥量較大的作物，由于施肥不合理，會出現(xiàn)棉花產(chǎn)量不隨施肥量的增加而增加，反因氮肥施用過量而增加防治病蟲害的投資。
